Природная флора Гагаузии включает в себя 1 700 видов папоротникообразных и цветковых растений, таких как дуб пушистый, граб, скумпия, лох серебристый, груша лохолистая, василек Анжелеску. В лесах Гагаузии преобладают лиственные виды деревьев — такие как дуб, акация, реже встречаются липа серебристая, клен, берест, кизил, дикая черешня и груша.
Дикая природа Гагаузской автономии включает в себя несколько сотен видов позвоночных. Беспозвоночных в этой области можно встретить немного реже. Среди млекопитающих наиболее крупными являются кабаны, а также барсук, белка, лиса, суслик, родинка, куница.
Птиц, укоренившихся и перелетных, насчитывается более 200 видов. В лесах обитают жаворонки, черные и певчие дрозды, дятлы, соловьи, грачи и ушастые совы. В степях можно встретить перепелов, серую куропатку, степного орла, дрофу.
Из-за стремительного развития промышленности, растительный покров в настоящее время занимает небольшие площади. По той же причине численность диких животных в естественной среде значительно упала. Природные степи сохранились только на малых участках Гагаузии.
Еще в XVIII веке травяной покров степи выглядел как сплошной ковер из различных растений с богатыми разнотравьем в человеческий рост. В начале XX-го века эти территории были полностью освоены и возделаны. В настоящие время в степях остались лишь небольшие участки степной растительности, представленной ковылем, типчаком, бородачом.