Flora și fauna Găgăuziei include 1.700 de specii de plante în formă de ferigă și cu flori, precum stejar pufos, carpen, scumpia, sălcioară, para sălbatică, albăstrea angelesc. În pădurile Găgăuziei predomină speciile de arbori de foioase cum ar fi stejarul, salcâmul, mai puțin obișnuite sunt teiul argintiu, arțarul, mesteacănul, ulmul, cireșele sălbatice.
Fauna sălbatică a Autonomiei Găgăuze include câteva sute de specii de vertebrate. Specii de nevertebrate în această zonă pot fi găsite mai puțin. Printre mamifere, cele mai mari sunt mistreții, precum și un bursucul, veverița, vulpea, hârciogul, jderul.
Tot aici se întâlnesc mai mult de 200 de specii de pasări, atât migratoare cât și sedentare. În păduri trăiesc ciocârlii, sturzi, mierle, ciocănitori, privighetori, fazani și bufnițe. În stepe se întâlnesc prepelițe, potârnichi cenușii, vulturi de stepă, dropia.
Datorită dezvoltării rapide a industriei, zona acoperită cu vegetație în prezent este mult mai mică. Din același motiv, numărul animalelor sălbatice din mediul natural a scăzut semnificativ. Stepele naturale sunt păstrate doar în zone mici din Gagauzia.
În secolul al XVIII-lea, acoperirea cu iarbă a stepei arăta ca un covor continuu din plante bogate, având înălțimea staturii umane. La începutul secolului XX, aceste teritorii au fost pe deplin dezvoltate și cultivate. În prezent, pe teritoriu nu au mai rămas decât mici secțiuni din vegetația de stepă.
