Свою официальную деятельность музей начинает с 1969 года. Основой же стал Дом пионеров в Комрате, участники которого собственными силами проводили туристические слеты, кружки. Дети во главе с руководителями собирали краеведческий материал, проводили раскопки. Все это стало базой комратского музея. Музеем были организованны первые туристические кружки, проводились слеты туристов, юных следопытов школ Комратского региона.
На сегодняшний день музей является одним из главных и популярных музеев Гагаузии и одной из посещаемых достопримечательностей юга Молдовы, где посетители могут наблюдать за развитием истории гагаузского народа и этого региона.
Фонд музея насчитывает более 70 тысяч экспонатов, которые воссоздают историю Гагаузии за несколько тысяч лет, начиная с III — IV веков нашей эры. Более новые экспонаты говорят об истории гагаузов, их обычаях, культуре, медицине, политической жизни.
